En juin 2001, la Commission a décidé d’entreprendre une seconde opération d’évaluation de programmes conduisant à une attestation d’études collégiales (AEC) dans les établissements privés non subventionnés. Elle voulait ainsi rejoindre d’une part, les établissements pour lesquels aucun programme n’avait encore été évalué et, d’autre part, tous les établissements de ce type afin d’évaluer un programme distinct de celui ou ceux déjà évalués. Dans le cadre de cette évaluation, la Commission a porté une attention particulière à la gestion pédagogique étant donné la plus grande autonomie des établissements et les nouvelles responsabilités qui leur sont confiées relativement à l’organisation de l’enseignement.
Les établissements visés devaient faire leur autoévaluation à l’aide d’un guide spécifique produit à leur intention. La Commission a évalué 19 programmes différents dans autant d’établissements. Elle a adressé aux établissements touchés leur rapport d’évaluation respectif et, au terme de l’exercice, elle a rendu public un rapport synthèse. Les rapports individuels des établissements sont accessibles en cliquant sur le nom du collège souhaité dans la page Publications du site.