En vertu de l’article 13 de sa Loi, la Commission a le mandat d’évaluer, pour les cégeps et les collèges privés subventionnés, la réalisation des activités reliées à leur mission éducative tant au regard de la planification et de la gestion administrative et pédagogique qu’au regard de l’enseignement et des divers services de soutien. L’évaluation institutionnelle couvre donc les principales responsabilités et activités rattachées à la réalisation de la mission éducative d’un collège.
Pour réaliser cette opération qui s’est déroulée entre 2000 et 2004, la Commission a élaboré à l’intention des collèges un guide précisant les enjeux, la portée et les critères retenus pour cette évaluation ainsi qu’une foire aux questions pour aider les collèges dans leur démarche d’autoévaluation. À l’automne 2004, elle a publié un rapport synthèse intitulé L’exercice des responsabilités dans les collèges : une première évaluation institutionnelle.